Σε αυτό το μουσείο ο επισκέπτης μπορεί να βρει ένα σοβαρό αριθμό αντιπροσώπων της θαλάσσιας χλωρίδας και πανίδας, κύρια μαλάκια, ψάρια και σπόγγους. Υπάρχουν, επίσης, και κάποια απολιθώματα. Το Μουσείο στεγάζεται σε ένα αβαείο, πρόσφατα ανακαινισμένο, στη παλιά πόλη. Οι συλλογές του είναι από τις σπουδαιότερες του Ρεθύμνου.

Το Μουσείο Ιστορίας και Λαϊκής Τέχνης στεγάζεται σε ένα συντηρημένο Βενετσιάνικο κτίριο, ένα εξαιρετικό παράδειγμα της αστικής κατοικίας αυτής της εποχής, το οποίο χρονολογείται από τον 17ο αιώνα και το Υπουργείο Πολιτισμού το έχει χαρακτηρίσει ως διατηρητέο ιστορικό μνημείο. Ξέχωρα από τις σπουδαίες συλλογές που φιλοξενούνται εδώ, και το ίδιο το κτίριο αξίζει ως μνημείο. Εκθέτονται κοστούμια, χειροποίητα υφαντά, εργαλεία υφαντικής κοστούμια, χειροποίητα υφαντά και εργαλεία υφαντικής, κεντήματα και δαντέλες, παραδοσιακά κεραμικά και εργαλεία πηλοπλαστικής και κεραμικής τέχνης και εργαλεία μεταλλοτεχνίας. Η όλη διαδικασία της παρασκευής ψωμιού, μια από τις χαρακτηριστικές δραστηριότητες στο Ρέθυμνο, ξεκινώντας από την συγκομιδή του σιταριού, έως το ψήσιμο του ψωμιού, επίσης παρουσιάζεται στο Μουσείο, μαζί με κάποια άλλα παραδοσιακά επαγγέλματα, όπως του σαγματοποιού, του σιδερά, του αγρότη και του μαχαιροποιού. Υπάρχει επίσης και μια σημαντική συλλογή ιστορικών φωτογραφικών ντοκουμέντων και χαρτών. Στο χώρο του Μουσείου διοργανώνονται εκπαιδευτικά προγράμματα, ενώ διατίθενται και διάφορες εκδόσεις του Μουσείου με ποικίλα θέματα.